数日前に本屋に行ったらば、こんな本を。ライフサイエンス政策の現在作者: 菱山豊出版社/メーカー: 勁草書房発売日: 2010/10/17メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 15回この商品を含むブログ (6件) を見る前の文科省ライフ課長ですなぁ。 …

先週は、神戸で分子生物学会（っちゅうか、正確には生化学会と合同でBMB2010ってやつだったが）でして、ブースに本屋が出てたので眺めてきた。Building Bioinformatics Solutions: With Perl, R and Mysql作者: Conrad Bessant,Ian Shadforth,Darren Oakly出…

収載予稿集リスト − 医学・薬学予稿集全文データベース検索をupdateしてみました。 前のバージョンでは、つどつどその場でSQL呼んでこのテーブルをつくっていたのですが、件数とかいつからいつまでみたいのが欲しいよね、ということで、そうすると、つどつど…

デジタル時代の著作権 (ちくま新書)ってのが出たらしい。という案内が来た。creativecommons.jpの人で、このプロジェクト関連で著作権のことでワークショップとかするときに呼ぶ人でもあるので。新書だし、読みやすかろう。よりあえず今はメモだけ。デジタル…

Excelでつくられた表を処理しようと、タブ区切りに直してみた。 そうしたらば、セル内での改行がそのまま改行として認識され、改行されている（わかりにくい文章だ）。というわけで、タテに見ると、中がそろっていない。 よく見ると、セル内改行の部分は、" …

CGI (Perl) とPHPを別にしていたのを一緒にしたことで、件数の情報も使えることになった。というわけで、さっそく対応。 if 文で、クエリのある/なしによって、最新XX件と、検索結果：XX件を使い分けるということもできるように。

データを落としてくる。rsyncするのだが、前に書いた2010-08-10 - chalk-less::weblog::thecla。10分くらいで終わると思われ（更新だけで）。 で、中間ファイルをつくる。（なんかこっちの話だが） $ ./mk.idTable.sra.3.pl ../../data/sra2/ > sra.idconv.1…

ちょうど、Cambridgeに来ただけにCambridge University Pressの本屋があり、物色。 Genomes, Browsers and Databases: Data-Mining Tools for Integrated Genomic Databasesってのを見つけたので、司令が購入。 EnsemblとかGbrowseとか、それを外からたたく…

電車でケンブリッジに移動。そこからタクシーで30ポンド（30分かかるくらいだっけ?）

14から21まで。Welcome to the Wellcome Genome Campus Conference Centre（通称：Hinxton。もうちょっと書くと、イギリスのケンブリッジの）で。404 | CSHL（2008ってあるけど2010）に参加。 初めてのイギリス（それどころか初めてのヨーロッパ）。 昼出で…

著作権２．０ ウェブ時代の文化発展をめざして (NTT出版ライブラリー―レゾナント)作者: 名和小太郎出版社/メーカー: エヌティティ出版発売日: 2010/06/24メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 7回この商品を含むブログ (7件) を見る著作権２…

そもそもPHPにどうやって引数渡すんだよ、とか、その引数をどうやってSQL分に反映さすんだよ、とか、あぁーもう素人だよなぁ。 こういうのをきちんと書き留めるところが重要（と言い聞かせる。

火曜日につくったのは、あらかじめSQL分を埋め込んでおいて、その結果をソートしたりするやつだったんだけれども、実際には検索をしたいわけで、そのあたり、クエリを渡して、なところを昨日、今日と眺めたりしている。 PHPのモジュールの違うのはあったりす…

定例会議。 2時間たっぷりと。

UsingDbService - it4bio@localhostとか参考にしながら、PHPのスクリプトをこさえて、でるかなー、とやってみるが、まぁ、いつものことながら出ない。 んー、なんでかなー、とか思ったら、そもそも、Apacheの方、httpd.confでPHPの項がコメントアウトされて…

だんだんはまりの予感。 前に書いたもの（UsingDbService - it4bio@localhost）だと、 $ sudo port -d install php5 +mysql5 +pear と書いてあるのだけれども、 nakazato@casper:/private/etc$ port -v variants php5 php5 has the variants: apache: Add Ap…

今度はこっち（UsingDbService - it4bio@localhost）を参考に、と。。。 portでPHPをインストール中。。。 こんなの出た。↓ ########################################################### # A startup item has been generated that will aid in # starting…

金曜日に関係者で話をして、HyperEstraierでもいいけど、MySQL+PHP程度でいいんじゃないかというような話になったので、実際に動きがどうか確認するべく、データをつっこみ始めようと。 マシンが新しくなっているので、MySQLをちゃんと動かせるところから。…

さすがに自分のマシンで実験的にやるフェーズでもなくなってきたので、実際の環境に近いところでやろうかと。てなわけで、自分の使っている外向けサーバーで。 プログラムを外からたたけるようにして、ID投げると結果が出るようにはした。で、こいつらに対し…

この業界（とか、そっちの業界）にありげーな、大量ファイルの転送が必要な状況になっちゃいました。 まず、外付けHDDをつないだらば、ext3フォーマット（ようするにLinux）だったので、Macで読めず。とりあえず、Mac ext3とかでぐぐって、Mac OS X Ext2 Fil…

先日のドウガネブイブイじゃなかった、アオドウガネは、標本にすべく針づけにしときました。が、時間が経ったので体がかたくなっており、ちょっと標本にするにはしんどいものに。。。 ま、写真撮ったし。 で、ドウガネブイブイですが、銅金蚉蚉と書くそうで…

2010-05-07 - chalk-less::weblog::theclaでやったようにSRAのデータについて、実験の目的（タイプ）がどうとかプラットフォームがどうとか、生物種がどうとか、という頻度情報を出すというのをやったりしてまして、で、これが自動で更新されるようになんと…

今日は、来て早々に、昨日から廊下にゴなんちゃらって虫がいるんですぅ (T-T) と泣きつかれ、荷物を置く隙も与えられないままに、階下の廊下に連れて行かれる。一晩とどまるゴなんちゃらってどんだけどんくさいんだよ、とか思いながら（この時点でゴなんちゃ…

でけた。 rsync -avz --delete --include "*/" --include "*.xml" --exclude "*" ftp.ncbi.nlm.nih.gov::sra/Submissions/ sra/ */ でディレクトリを許可して、*.xml でメタデータであるXMLファイルを許可して、excludeでその他を拒絶。順番を間違えるとうま…

[Bioclusters] FYI-- NCBI officially supports rsync:// for ftp .ncbi.nlm.nih.gov まだ、実際に動くかは確認してない。（ちょっと古いネタだしなぁ） rsync -av ftp.ncbi.nlm.nih.gov::blast/db/FASTA/ /local/data/FASTA/

そんなこんなで、文献リストを表示さす、みたいなことが多々でてくるのだけれども、しかしながら手つかずであったので、この際にとりあえずのをやることにした。 仕事柄、日本語の文献も扱うのだけれども、ひな形だけの話であって、とりあえず、こっちも自分…

なんちゅう曖昧なタイトル。。。SRAには、StudyとかExperimentとかもろもろデータ（もうちっというと、読んだシーケンスに対して、実験情報とかを書いたメタデータ）にタイプがあって、各々にIDが振られていて、でも、そいつらの対応がけっこうわかりにくい…

とりあえずキーワード検索はできるように。 人の名前とか、そういうので検索できるかなーとかやってみたが、うまく行かず。 HyperEstraierに食わすための暫定データって @uri=http://www.infosta.or.jp/journal/201007j.html#3 @title=文部科学省「統合デー…

のきなみ404なんだけど。。。 と思ったら、sourceforgeからhttp://fallabs.com/hyperestraier/に引っ越してた。

しこたまのPDFと、それに対するメタデータ（独自フォーマット）に対して検索をかけたいと思っているので、http://fallabs.com/hyperestraier/uguide-ja.html#formats の文書ドラフトの項を参考に、それっぽいドラフトデータをつくってみた。 最初、1ファイル…