毎度おなじみながら、NGSの公共データベースであるSRAで、メタデータのまとめをして統計的なところから検索するっていう SRAs ってのをやってます ( http://sra.dbcls.jp/ )。この中で、文献からデータを検索するってのがあるわけですが、5月下旬にNGS現場の…

前回、遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―という本を紹介したのだが、って、紹介したってほどじゃないよな、めくった記録をつけたくらいが正しいと思うが、それに対して、著者の方から、その本にかける情熱を書き付けていただいて（ryam…

バイオパンク DIY科学者たちのDNAハック!作者: マーカス・ウォールセン,矢野真千子出版社/メーカー: NHK出版発売日: 2012/02/21メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 16人 クリック: 334回この商品を含むブログ (13件) を見るヘー。バイオバンクかー。生体…

遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る自分はこのあたりのことは詳しくないのだが…

旅するウナギ―1億年の時空をこえて作者: 黒木真理,塚本勝巳出版社/メーカー: 東海大学出版会発売日: 2011/08/01メディア: 大型本 クリック: 18回この商品を含むブログ (6件) を見る旅するウナギ―1億年の時空をこえて というのを見つけました。これって東大の…

Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)作者: Sorin Drăghici出版社/メーカー: Chapman and Hall/CRC発売日: 2012/01/11メディア: ハードカバー クリック: 12…

今日やったよ、というログのために。 生物種の統計値をつくるのに、NCBIをたたいているのだが、XMLパースエラーみたいなのが出たりして最近よく落ちるので（NCBIが問い合わせへの回答にたまにエラーを吐くとにらんでいる）、前に見た結果を残しておいて、そ…

まずはこちらをご覧ください。 ... pubmed 17916733 これは、SRX096404というデータで、実体はSRA045429.experiment.xmlですが、このデータが、PubMed の 17916773 、つまり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=17916733（Microbial population struc…

まずおことわりです。 昨日、iBooks で見てねーといったのですが、最近 出たiBooks2でないと動かないかもしれません。途中まで行って、背景がグレーになって止まる、という現象が散見されました。昨日は、うねうねいじっていたから、ダウンロードでもしてい…

なんかごたごたして云々ですが、まぁ、まずはインストール。 Apple Storeから特集とかいって、検索でいいと思うけども、無料でインストール。Apple IDとか入れて、落とす。 なんか、入れたアプリがiPhone風にアイコンリストで出たけど、アプリケーションフォ…

これで後輩から、えっ? MBAって入ってんのSSDでしょ。HDDが入っているMacだせー的なののしりから解放されるかと思うと (T-T) 前のはH19とかに買ったんですよ。ブラウザ立ち上げるとCPUが100%になるんですよ。（ぐだぐだ気を取り直して、インストールログ 前…

15日をすぎましたので、例のDDBJ Searchでのデータの伸びのグラフをアップデート

eutils でどうなったかってのが気になっていたのですが、esearch → efetch の流れのうち、esearch は普通のようだが、efetch は結果が返ってこない。 esearch 22080 10 0 1 NCID_1_82425502_130.14.18.52_9001_1326178023_184987767 614414 614413 614412 61…

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス作者: R.ジェントルマン,V.J.カリー,W.フーバー,R.A.イリザリー,S.ドュドイト,荒川和晴,粕川雄也,川路英哉,河野信,神田将和,鈴木治夫,田中伸也,中尾光輝,長嶋剛史,二階堂愛,宮本真理出版社/メーカー: シュプ…