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なかなかアップされないこのブログですが、そもそもターミナルでコード書くとか解析とかしてハマらないとアップされない気もしますw。 さてさて、前段階として年末に本を出すのをお手伝いさせていただきました。次世代シークエンサーDRY解析教本作者:清水厚…
俺は都会のマンションのベランダで、自分勝手に植物を育てる、ベランダーだ。 季節は春。俺は久しぶりに、ブログを更新することにした。 （植物男子ベランダー・一部改） はてダがサービス終了ということで、はてブに移ってきました。そもそもここにいろいろ…
縁あって、ゲノム解析とか発現解析をしています。 de novoでゲノムデータをassembleするというので、Platanus ( http://platanus.bio.titech.ac.jp/ ) というのを使ってみることとしました。現在のバージョンは1.2.4のようで（去年に出たようだ）。サイトで…
毎度おなじみ BioHackathon で山形は あつみ温泉に来ている。 外国からも交えて100人くらいか。今年は大所帯。 夜にNCBIとうちのと話していたらば、そのうちのが今日は何をやっていたかと訊かれていて、リストを作っていたと返事をしたところ、チェックは2回…
来てます。 今回はポスター発表にしてます。内容は、まぁ、いつもどおり。本当はもっとモノに根ざした発表をしたいんですが。 せっかくなので、公共NGS中の昆虫データについて調べてみました。 ↑ ポスターの図より。数字はプロジェクト数。1つのプロジェクト…
普段の職場を飛び出してなので、（いまだに書類をこさえたり調整してメールしたりもありますが）コード書いたりするのがなんか久しぶりな気がします。ま、こうやってわいわいやった方が、ひとりでこもってやるよりシナジー効果が出ますわな。 昨日の続きとし…
このブログも昨年は書いていなかったので、これは再開するのはいかがなものかと思ったのだけれども、よく見たら（自宅でブログを書いていたので）3年くらい書いていなかった時期があって、まぁいいか、と思い、また書いてみました。 次世代シーケンサーの公…
BioSampleっていうデータベースができまして、実験サンプルの情報が収載されるようになったわけですが、今までTaxnomy IDで管理されていたのがBioSample IDになってTaxonomy IDが振られなくなったなどと騒いでいるのが世に言うTaxonomy ID問題ってやつだった…
3行まとめ http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=SRP038104 にそろっている 今回のは、ID記載のマジックとNCBIのインターフェースのラビリンス具合の合わせ技 わしわし登録するところは研究所内に登録アシストの人を置いたら? そうでなくても、…
まずおことわりです。 昨日、iBooks で見てねーといったのですが、最近 出たiBooks2でないと動かないかもしれません。途中まで行って、背景がグレーになって止まる、という現象が散見されました。昨日は、うねうねいじっていたから、ダウンロードでもしてい…
なんかごたごたして云々ですが、まぁ、まずはインストール。 Apple Storeから特集とかいって、検索でいいと思うけども、無料でインストール。Apple IDとか入れて、落とす。 なんか、入れたアプリがiPhone風にアイコンリストで出たけど、アプリケーションフォ…
これで後輩から、えっ? MBAって入ってんのSSDでしょ。HDDが入っているMacだせー的なののしりから解放されるかと思うと (T-T) 前のはH19とかに買ったんですよ。ブラウザ立ち上げるとCPUが100%になるんですよ。（ぐだぐだ気を取り直して、インストールログ 前…
アップデートしたらこんなんでた。 To make python 2.7 the default (i.e. the version you get when you run 'python'), please run: sudo port select --set python python27
日本の生命科学データベース政策 - ライフサイエンス統合データベースプロジェクト 地震で滞っていた（まぁ、その前から詰まり気味ではあったが）のを昨日、今日とカタした。 なんか、体裁上の本体が向こうに行ってしまって、立場が微妙ではあるのだが、いつ…
収載予稿集リスト − 医学・薬学予稿集全文データベース検索をupdateしてみました。 前のバージョンでは、つどつどその場でSQL呼んでこのテーブルをつくっていたのですが、件数とかいつからいつまでみたいのが欲しいよね、ということで、そうすると、つどつど…
Excelでつくられた表を処理しようと、タブ区切りに直してみた。 そうしたらば、セル内での改行がそのまま改行として認識され、改行されている（わかりにくい文章だ）。というわけで、タテに見ると、中がそろっていない。 よく見ると、セル内改行の部分は、" …
CGI (Perl) とPHPを別にしていたのを一緒にしたことで、件数の情報も使えることになった。というわけで、さっそく対応。 if 文で、クエリのある/なしによって、最新XX件と、検索結果：XX件を使い分けるということもできるように。
そもそもPHPにどうやって引数渡すんだよ、とか、その引数をどうやってSQL分に反映さすんだよ、とか、あぁーもう素人だよなぁ。 こういうのをきちんと書き留めるところが重要（と言い聞かせる。
火曜日につくったのは、あらかじめSQL分を埋め込んでおいて、その結果をソートしたりするやつだったんだけれども、実際には検索をしたいわけで、そのあたり、クエリを渡して、なところを昨日、今日と眺めたりしている。 PHPのモジュールの違うのはあったりす…
定例会議。 2時間たっぷりと。
UsingDbService - it4bio@localhostとか参考にしながら、PHPのスクリプトをこさえて、でるかなー、とやってみるが、まぁ、いつものことながら出ない。 んー、なんでかなー、とか思ったら、そもそも、Apacheの方、httpd.confでPHPの項がコメントアウトされて…
今度はこっち（UsingDbService - it4bio@localhost）を参考に、と。。。 portでPHPをインストール中。。。 こんなの出た。↓ ########################################################### # A startup item has been generated that will aid in # starting…
金曜日に関係者で話をして、HyperEstraierでもいいけど、MySQL+PHP程度でいいんじゃないかというような話になったので、実際に動きがどうか確認するべく、データをつっこみ始めようと。 マシンが新しくなっているので、MySQLをちゃんと動かせるところから。…
さすがに自分のマシンで実験的にやるフェーズでもなくなってきたので、実際の環境に近いところでやろうかと。てなわけで、自分の使っている外向けサーバーで。 プログラムを外からたたけるようにして、ID投げると結果が出るようにはした。で、こいつらに対し…
とりあえずキーワード検索はできるように。 人の名前とか、そういうので検索できるかなーとかやってみたが、うまく行かず。 HyperEstraierに食わすための暫定データって @uri=http://www.infosta.or.jp/journal/201007j.html#3 @title=文部科学省「統合デー…
しこたまのPDFと、それに対するメタデータ（独自フォーマット）に対して検索をかけたいと思っているので、http://fallabs.com/hyperestraier/uguide-ja.html#formats の文書ドラフトの項を参考に、それっぽいドラフトデータをつくってみた。 最初、1ファイル…
今までこいつを書かなかったうちに、検索対象がいろいろたまることになりまして、それを検索できるようにしないとな、と。で、そのデータがぐだぐだだったりするので、どうすっきりさすかをいろいろ考えていたわけだけれども、とりあえずえいやーでやろうと…
木曜日なんだよね。実感ない。
席替えに合わせて、というか、他にも様々なことと合わせて、ボスに来年度どうするのよ、みたいな話をされ、パワポを送ったのだけれども、けっこう食いつかれた（が時間がない）ので、自分なりに詳細とかまとめてみる。先行研究とか聞きたいらしいので、その…
内部向け公共の福祉事業。
