GEOのデータをparseして、もろもろのペアつくり GSE10967 GPL9062 = SRP000551 18423832 GSE10968 GPL9062 = SRP000568 18423832 GSE11070 GPL1979|GPL9062|GPL10977 = SRP000622 18486559 GSE11094 GPL9062 = SRP000713 18542052 GSE11172 GPL9185 = SRP000…

1 Helicos (Mus musculus) 5 MIT Caenorhabditis elegans small RNA sequences (Illumina/Solexa) 1 Salk-Yeo-Solexa-ES,NP,NE cells 1 NHLBI-Mouse-Solexa-Tcell-Stat 1 NCI Human Solexa Platform 14814K 1 MPI_Chen_domestic_dog_Solexa_2007 1 MPI_Chen_…

13 AB SOLiD System 2.0 (Homo sapiens) 6 AB SOLiD System 3.0 (Mus musculus) 6 AB SOLiD System 3.0 (Homo sapiens) 6 AB SOLiD System 2.0 (Mus musculus) 5 AB SOLiD System (Mus musculus) 3 AB SOLiD System 3.0 (Arabidopsis thaliana) 3 AB SOLiD S…

6 454 GS FLX (Homo sapiens) 4 454 GS FLX (Caenorhabditis elegans) 3 454 GS 20 (Homo sapiens) 3 454 GS (Arabidopsis thaliana) 2 454 GS FLX (Rattus norvegicus) 2 454 GS FLX (Mus musculus) 2 454 GS FLX (Chlamydomonas reinhardtii) 2 454 GS FLX…

152 Illumina Genome Analyzer (Homo sapiens) 137 Illumina Genome Analyzer II (Homo sapiens) 133 Illumina Genome Analyzer (Drosophila melanogaster) 123 Illumina Genome Analyzer (Mus musculus) 100 Illumina Genome Analyzer II (Mus musculus) 69…

これまたぐちゃぐちゃなんだよねー。。。 同じシリーズの中で複数のプラットフォームとかあって、それぞれにサンプルが紐づいてて、うーん。。。（−＿−； とりあえず上の方。 1792 [HG-U133_Plus_2] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array 1626 [Mous…

アップデートしたらこんなんでた。 To make python 2.7 the default (i.e. the version you get when you run 'python'), please run: sudo port select --set python python27

!Series_geo_accession = GSE11389 ... !Series_summary = This SuperSeries is composed of the following subset Series: !Series_summary = GSE11335: Chip-chip from MEF cells with H3ac, H4ac, H4K20me1, !Series_summary = GSE11337: RNA-chip from M…

GEOも眺めています。フルのデータで641GB（圧縮済）、発現値をとったメタデータで2.6GB（非圧縮）って扱うのも一苦労だよ。 で、この中に、データのタイプってのがあったので、数えてみた。 17891 Expression profiling by array 1151 Genome binding/occupa…

分子生物学に魅せられた人々作者: 日本分子生物学会出版社/メーカー: 東京化学同人発売日: 2011/06/02メディア: 単行本この商品を含むブログを見る↑いまだにAmazonへのリンクページがつくられません。どうなっているんだ? ＞ はてな。とりあえず、リンクだけ…

分子生物学に魅せられた人々という本らしい。分子生物学に魅せられた人々作者: 日本分子生物学会出版社/メーカー: 東京化学同人発売日: 2011/06/02メディア: 単行本この商品を含むブログを見る 下記14名の方々に,現在第一線で活躍中の研究者がインタビューを…

ディスカッションをしているうちにそういう話になったので、調べてみた。あくまで、Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemで使っている論文だけですが。 多い順、top 10 文献数 GeneID 遺伝子名 5695 836 CASP3: caspase 3 5585 5…

そうこういいつつも、いろいろと手を出しちゃぁ、足をつっこんじゃぁ。 転写因子についても、ちょっと眺めてます。 前に文献から配列を抜くってのをあげましたが、そのアノテーション的な意味も込めて。 ふと、転写因子ってどのくらいあるのかなーと思い立ち…

断片としてはおもろいことをいろいろかかえているが、学会とかあるし、どうつないで、区切りをつけるか思案中。

ふと思うところあって、今月号(2011年6月号。Volume 43 Issue 6, June 2011)のNature Geneticsに登場する疾患名たちを列挙してみた。 嚢胞性繊維症 (cystic fibrosis) 前立腺がん (prostate cancer) 開放隅角緑内障 (open angle glaucoma) 広隅角緑内障 (ang…