定例会議。 2時間たっぷりと。

UsingDbService - it4bio@localhostとか参考にしながら、PHPのスクリプトをこさえて、でるかなー、とやってみるが、まぁ、いつものことながら出ない。 んー、なんでかなー、とか思ったら、そもそも、Apacheの方、httpd.confでPHPの項がコメントアウトされて…

だんだんはまりの予感。 前に書いたもの（UsingDbService - it4bio@localhost）だと、 $ sudo port -d install php5 +mysql5 +pear と書いてあるのだけれども、 nakazato@casper:/private/etc$ port -v variants php5 php5 has the variants: apache: Add Ap…

今度はこっち（UsingDbService - it4bio@localhost）を参考に、と。。。 portでPHPをインストール中。。。 こんなの出た。↓ ########################################################### # A startup item has been generated that will aid in # starting…

金曜日に関係者で話をして、HyperEstraierでもいいけど、MySQL+PHP程度でいいんじゃないかというような話になったので、実際に動きがどうか確認するべく、データをつっこみ始めようと。 マシンが新しくなっているので、MySQLをちゃんと動かせるところから。…

さすがに自分のマシンで実験的にやるフェーズでもなくなってきたので、実際の環境に近いところでやろうかと。てなわけで、自分の使っている外向けサーバーで。 プログラムを外からたたけるようにして、ID投げると結果が出るようにはした。で、こいつらに対し…

この業界（とか、そっちの業界）にありげーな、大量ファイルの転送が必要な状況になっちゃいました。 まず、外付けHDDをつないだらば、ext3フォーマット（ようするにLinux）だったので、Macで読めず。とりあえず、Mac ext3とかでぐぐって、Mac OS X Ext2 Fil…

先日のドウガネブイブイじゃなかった、アオドウガネは、標本にすべく針づけにしときました。が、時間が経ったので体がかたくなっており、ちょっと標本にするにはしんどいものに。。。 ま、写真撮ったし。 で、ドウガネブイブイですが、銅金蚉蚉と書くそうで…

2010-05-07 - chalk-less::weblog::theclaでやったようにSRAのデータについて、実験の目的（タイプ）がどうとかプラットフォームがどうとか、生物種がどうとか、という頻度情報を出すというのをやったりしてまして、で、これが自動で更新されるようになんと…

今日は、来て早々に、昨日から廊下にゴなんちゃらって虫がいるんですぅ (T-T) と泣きつかれ、荷物を置く隙も与えられないままに、階下の廊下に連れて行かれる。一晩とどまるゴなんちゃらってどんだけどんくさいんだよ、とか思いながら（この時点でゴなんちゃ…

でけた。 rsync -avz --delete --include "*/" --include "*.xml" --exclude "*" ftp.ncbi.nlm.nih.gov::sra/Submissions/ sra/ */ でディレクトリを許可して、*.xml でメタデータであるXMLファイルを許可して、excludeでその他を拒絶。順番を間違えるとうま…

[Bioclusters] FYI-- NCBI officially supports rsync:// for ftp .ncbi.nlm.nih.gov まだ、実際に動くかは確認してない。（ちょっと古いネタだしなぁ） rsync -av ftp.ncbi.nlm.nih.gov::blast/db/FASTA/ /local/data/FASTA/

そんなこんなで、文献リストを表示さす、みたいなことが多々でてくるのだけれども、しかしながら手つかずであったので、この際にとりあえずのをやることにした。 仕事柄、日本語の文献も扱うのだけれども、ひな形だけの話であって、とりあえず、こっちも自分…

なんちゅう曖昧なタイトル。。。SRAには、StudyとかExperimentとかもろもろデータ（もうちっというと、読んだシーケンスに対して、実験情報とかを書いたメタデータ）にタイプがあって、各々にIDが振られていて、でも、そいつらの対応がけっこうわかりにくい…

とりあえずキーワード検索はできるように。 人の名前とか、そういうので検索できるかなーとかやってみたが、うまく行かず。 HyperEstraierに食わすための暫定データって @uri=http://www.infosta.or.jp/journal/201007j.html#3 @title=文部科学省「統合デー…

のきなみ404なんだけど。。。 と思ったら、sourceforgeからhttp://fallabs.com/hyperestraier/に引っ越してた。

しこたまのPDFと、それに対するメタデータ（独自フォーマット）に対して検索をかけたいと思っているので、http://fallabs.com/hyperestraier/uguide-ja.html#formats の文書ドラフトの項を参考に、それっぽいドラフトデータをつくってみた。 最初、1ファイル…

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10437 と http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?study=SRP000105 Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome GEOに登録してあって、SRAに再登録というパターンだ…

いれてみたので、実際に検索できるか、そこいらのデータで試してみる。 http://hyperestraier.sourceforge.net/intro-ja.html を参考に。インデックスをつくって、で、CGIを設置し、検索をかける、と。 とりあえず、今までためていた論文 (PDF形式) を相手に…

配布されているのが、tgzなファイルなので、展開してどこかを書き換えたら入ったりしないかなーと思ったものの、ちょこっとやってもダメだったので、とりあえず保留。

Mac Book ProのファイルをMac Proにコピー。とりあえずバックアップみたいなフォルダに全コピーして、いるファイルは、正規の場所に置き直すみたいな感じで。

バイナリ落としてきてRを入れてみた版。 RMeCab_0.90_x86_64.tgz > install.packages("RMeCab_0.90.tgz", destdir=".", repos=NULL) > library(RMeCab) > kekkaすもももももももものうち") R(14649) malloc: *** error for object 0xd00000002800000: pointe…

もちろんMeCabも入っていますよ。 なんかうまく入らないので、うねうねしてます。 とりあえずportでRをインストール (2.11.1)。で、 RMeCab_0.90_x86_64.tgz RMeCab_0.90.tgz RMeCab_0.89_R_x86_64-apple-darwin9.8.0.tar.gz (本当は2.11.0用) RMeCab_0.89_R…

今までこいつを書かなかったうちに、検索対象がいろいろたまることになりまして、それを検索できるようにしないとな、と。で、そのデータがぐだぐだだったりするので、どうすっきりさすかをいろいろ考えていたわけだけれども、とりあえずえいやーでやろうと…

Mac Proって、Macで（あたりまえ）、Snow Leopardで、で、64bitなんだよな。確か。 RをPortで入れて、MeCabをソースから入れて、で、RMeCabなんだけど、どれを入れたらいいんだ? （64bit?）みたいな感じになりまして、適当に入れたり消したり。いろいろ試し…

Mac Pro。諸般の事情により（っちゅうか、1つしか事情はないが）、名前はcasper

開発をお願いしていた件について、打ち合わせ。 こういうのをつくりたいなぁ、というのを具現化してくれていて、変な言い方だけれども、金で解決できるうれしさよ。（そのノウハウを使って、自分でも別件でやることになるかどうか。。。） 今までに気づいた…

なんでか知らんけど、うっかりまたここに書かなくなっていたので、えいやーで復活させてみた。 このまま夏バテせずに続けるべし。