BioPerlで、PMIDからAbstをとってくる、というスクリプトを書いてしょっちゅう使うのだが( http://bugja.sourceforge.jp/index.php?pmid2abst.pl )、動かなくなっている。つきつめてみると、XML::Parserがうまくいっていない。 nakazato@mudskipper:~$ perl …

そろそろ学会へのアブストを書く季節だが、何ネタにするか考えている。 また別の観点から拡張してみました。という、やればできる（し、けっこうニーズもあると踏んでいる）ものにするか。それとも、実際に作ったものを使ってみて、こんな結果が得られました…

頼まれ仕事。 自分ならざーっとやってしまうことも、人に説明するのは（特に異分野の人には）難しい。 かといって、自分以上にスループットがいいので、かなり効率がよい。 最近、機械でざーっとやれないとなー、というのと、やっぱし人手で見ないとなぁ、と…

コピーするだけで意外とすんなり。ただ、DNS切り替わる前に、前のコンテンツが更新されてしまったようで。申し訳ない。

それまでApacheが書いてたファイルが、Apacheのユーザー名が変わったために、コンテンツの更新ができなくなってしまっていた。かといって、root権限は持っていない。とりあえず、wikiとかcacheとかdiffのディレクトリで名前を別にして、新しくこいつらのディ…

前はちゃんと動いていた気がするのだが、サーバー側のいろいろな設定変更によってか、PukiWikiで作っていたページの内部リンクで、ポート番号がつくようになってしまい、そのためにページに到達できなくなっていた。 (pukiwiki.ini.php) // $script = 'http:…

Aliasの部分も見て、あったらそれに、ということでやってみたところ、147まで増えました。 残念ながら、Ethmoid単独の語はなかったため、そこはレスキューできず。

どういうのが失敗しているんだろうか、ということで、眺めてみた。 adrenal gland Adrenal Glands あー、sのありなしですかい。 brainstem Brain Stem スペースのありなしですかいな。これって、スペースなしの場合ってあるんか。あるな（Wikipediaがスペー…

せっかくだから、どのくらい変わったのか見てみるかなーとか見たら、用語がBodyParts3Dで568あって、MeSHのAカテゴリが1,557もあるのに、置き換わったのが89しかなく、いやに少ねぇなぁ、とか思っていた。 んで、よく見ると、今回、データはhttp://dbarchive…

2009-06-30 - chalk-less::weblog::theclaで書いたが、UMLSの日本語はinternal use onlyだそうだから、鋭意、別のソースを使っての用語に置き換え中。 てなわけで、AnatomyのAカテゴリは、http://lifesciencedb.jp/ag/bp3d/index.jspの語を使ってみた。まぁ…

前に書いたか忘れたけれども、疾患の用語でいろんなのをjoinして、なるべく幅広く取ってみようかねー、とか思っている。 とりあえず、ソースとしては、まず、OMIM。それからMeSHのCカテゴリ（Diseases）。例によって、UMLSに当ててみる感じか。UMLSにも、Dis…

PDF Hacks ―文書作成、管理、活用のための達人テクニック作者: Sid Steward,千住治郎出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2005/03/29メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 53回この商品を含むブログ (20件) を見るすでに、あちこちで議論はなされて…

今さらの事務書類を書くために久々に見た。 Welcome | TFe 当時は、4つしかカバーしていなかったが、数だけは増えたな。人力恐るべし。 DNAにbindする様子がリボン画で描かれているのできれい。実際に、どういう配列にbindするかとか書いてあったりすると、…

素では入っていないようだ。 sudo port -v install md5sha1sum して入れるとよい。

古い元データの退避とか。いらんファイルを消したりとか。

昨日の問題を直して。 あと、向こうの仕様が変わっていたようで、parseしたら結果がおかしい部分があるので、そこはまたやりなおして、無事にデータ取得完了。よかったよかった。 って、データを作る部分もひきつづきなんだろうが、そもそもの辞書的なもの（…

LWP::UserAgentを使って、つんつんCGIをつっついて、データを落としてくるスクリプトを半年前につくっていたのだが、ことごとく動かない。あきらめて別のスクリプト（相手が違うが、やることは同じ）もいじるが、やはり動かない。 静かに終わるので、むしろ…

こいつか。 Attempt to reload HTML/HeadParser.pm aborted. Compilation failed in require at /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.10.0/LWP/UserAgent.pm line 588.', Data::Dumperで追っかけてやっとわかった。

水曜日から1週間入院します。 ひたすら暇かと期待しているので、twitterはできませんが（だって病院だもの）、メールチェックくらいはしようかな、と。 ともかく、ネットワーク的には疎遠になるので、用のある人は今のうちに連絡ください。職場のメールは、…

毎度おなじみGendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemですが、こいつのデータというのが、今年の1/8に取得したのをもとにしている。ということは、今日で半年。となると、一応、今のスナップショットとして、データを落として、更新…

なんちゃら会議ってやつですよ。

対なんちゃら仕様でプレゼンをつくらんといかんなぁ、とか思うと、前の使い回しはいかがなものか、とかなって、身悶えしながらプレゼンを作ったり。しかしながら、指摘があったように、別に「なんちゃら」はone of themなわけで、理解してもらって使ってもら…

AJACS11 - MotDB（AJACS三河@基礎生物学研究所）っちゅうのが金曜日にあって、しゃべるので、身悶えしながら準備。せめて準備だけはしっかりしておきたいので。でも、準備はしすぎるってことないからな。うー(T-T) 身悶え。

実際に見た結果を伝えてみた。 ある意味、目的が達せられれば（それにある程度 汎用性もあれば）、どんな手段でも問わないわけで、いい感じに回ってくれると思う。よかれよかれ。

おとついに探り当てたライセンス回りについて、中身がどんなか読んでいた、気がします。

国際バイオEXPOっちゅう展示会があり、それの対応。A(C （でもクールビズ）で。例によって木曜日で雨なのだが、それはさておき、ちょっと人が少なめ。というか、会場が、前は本当にブチヌキで広いところだったのに、今回は、コの字になっているようなで、ど…

そんなファイルがあったので、依頼もあり、1日かけてつくってみた。 事情により、外には公開していない。 やっぱし動くものというかアウトプットがあると違うね。 あぁ、そうか。そういや、年代ごとに何件、とかいうのも出たらいいね、とは言われていたのだ…