bio

Trinity を動かすのにハマる

なかなかアップされないこのブログですが、そもそもターミナルでコード書くとか解析とかしてハマらないとアップされない気もしますw。 さてさて、前段階として年末に本を出すのをお手伝いさせていただきました。次世代シークエンサーDRY解析教本作者:清水厚…

Biopythonを使ってみる

俺は都会のマンションのベランダで、自分勝手に植物を育てる、ベランダーだ。 季節は春。俺は久しぶりに、ブログを更新することにした。 (植物男子ベランダー・一部改) はてダがサービス終了ということで、はてブに移ってきました。そもそもここにいろいろ…

PlatanusをMacで使う

縁あって、ゲノム解析とか発現解析をしています。 de novoでゲノムデータをassembleするというので、Platanus ( http://platanus.bio.titech.ac.jp/ ) というのを使ってみることとしました。現在のバージョンは1.2.4のようで(去年に出たようだ)。サイトで…

昆虫学会+応動昆@大阪

来てます。 今回はポスター発表にしてます。内容は、まぁ、いつもどおり。本当はもっとモノに根ざした発表をしたいんですが。 せっかくなので、公共NGS中の昆虫データについて調べてみました。 ↑ ポスターの図より。数字はプロジェクト数。1つのプロジェクト…

BioProjectとかBioSampleを眺めてみた(続き)

普段の職場を飛び出してなので、(いまだに書類をこさえたり調整してメールしたりもありますが)コード書いたりするのがなんか久しぶりな気がします。ま、こうやってわいわいやった方が、ひとりでこもってやるよりシナジー効果が出ますわな。 昨日の続きとし…

BioSampleを改めて眺めてみた

このブログも昨年は書いていなかったので、これは再開するのはいかがなものかと思ったのだけれども、よく見たら(自宅でブログを書いていたので)3年くらい書いていなかった時期があって、まぁいいか、と思い、また書いてみました。 次世代シーケンサーの公…

BioPerl でTaxonomy IDだの生物種名だの

BioSampleっていうデータベースができまして、実験サンプルの情報が収載されるようになったわけですが、今までTaxnomy IDで管理されていたのがBioSample IDになってTaxonomy IDが振られなくなったなどと騒いでいるのが世に言うTaxonomy ID問題ってやつだった…

STAP細胞関連のNGSデータを論文から読み取ってアクセスしやすくしてみた

3行まとめ http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=SRP038104 にそろっている 今回のは、ID記載のマジックとNCBIのインターフェースのラビリンス具合の合わせ技 わしわし登録するところは研究所内に登録アシストの人を置いたら? そうでなくても、…

文献リストの手直しメモ

毎度おなじみながら、NGSの公共データベースであるSRAで、メタデータのまとめをして統計的なところから検索するっていう SRAs ってのをやってます ( http://sra.dbcls.jp/ )。この中で、文献からデータを検索するってのがあるわけですが、5月下旬にNGS現場の…

通りすがりの縁ってやつですかね

前回、遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―という本を紹介したのだが、って、紹介したってほどじゃないよな、めくった記録をつけたくらいが正しいと思うが、それに対して、著者の方から、その本にかける情熱を書き付けていただいて(ryam…

ついでに見かけた本(バイオパンク)

バイオパンク DIY科学者たちのDNAハック!作者: マーカス・ウォールセン,矢野真千子出版社/メーカー: NHK出版発売日: 2012/02/21メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 16人 クリック: 334回この商品を含むブログ (13件) を見るヘー。バイオバンクかー。生体…

またもや立ち読みしてきた(遺伝統計学の基礎)

遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る自分はこのあたりのことは詳しくないのだが…

Amazon眺めてて見つけた

Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)作者: Sorin Drăghici出版社/メーカー: Chapman and Hall/CRC発売日: 2012/01/11メディア: ハードカバー クリック: 12…

SRAs データ作成のプログラム改良

今日やったよ、というログのために。 生物種の統計値をつくるのに、NCBIをたたいているのだが、XMLパースエラーみたいなのが出たりして最近よく落ちるので(NCBIが問い合わせへの回答にたまにエラーを吐くとにらんでいる)、前に見た結果を残しておいて、そ…

SRA のデータが汚い(いまさら)

まずはこちらをご覧ください。 ... pubmed 17916733 これは、SRX096404というデータで、実体はSRA045429.experiment.xmlですが、このデータが、PubMed の 17916773 、つまり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=17916733(Microbial population struc…

例のグラフのアップデート

15日をすぎましたので、例のDDBJ Searchでのデータの伸びのグラフをアップデート

OMIM: NCBI → omim.org の影響

eutils でどうなったかってのが気になっていたのですが、esearch → efetch の流れのうち、esearch は普通のようだが、efetch は結果が返ってこない。 esearch 22080 10 0 1 NCID_1_82425502_130.14.18.52_9001_1326178023_184987767 614414 614413 614412 61…

いつまでも あると思うな コンテンツ・再び

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス作者: R.ジェントルマン,V.J.カリー,W.フーバー,R.A.イリザリー,S.ドュドイト,荒川和晴,粕川雄也,川路英哉,河野信,神田将和,鈴木治夫,田中伸也,中尾光輝,長嶋剛史,二階堂愛,宮本真理出版社/メーカー: シュプ…

今こんな

匍匐前進。

ニューヨークに行ってきた・見つけた本メモ

404 | CSHLっていうんで、Cold Spring Harbor Laboratory - Advancing the frontiers of biology through education and research - Cold Spring Harbor Laboratoryってとこに行ってきた。 出版部門があって、会議場の地下の売店で売っているので眺めてきた…

例のSRAのグラフ更新

15日ですので、更新しました。 DDBJ Search

2012 MeSH Available

そういやそろそろだよなぁーと思ったら出てた。 Medical Subject Headings - Home Page MEDLINEデータベースが2012版になるのは、いつもは1ヶ月後くらいだっけか。 ちょこちょこ変わったみたいだが、まぁ、気にせんでもいいのかな。

DDBJからDRAのメタデータをダウンロード

毎度でございますが、DDBJ Searchってのやっとります。 プロジェクトリストあたりのところは、お願いして作ってもらったのですが、そろそろほどいて改良を。 で、ふと、NCBIからデータを落としていて、遠かろうということに気づいてはいたのですが、時間がで…

学会参加でNYへ

1日から昨日まで、404 | CSHLに行ってました。 風邪ひいて行けないかと思ったけど、なんとか。

SRAs: こっちか向こうか調子悪い

DDBJ Searchですが、トップページにある統計情報(こんなシーケンサーでいくつのプロジェクトがあるよーなど)は毎日更新しています。 まぁ、元情報をDDBJから落としてくるのは週1なんで、不要っちゃ不要なんですが、念のため。 で、この更新スクリプト、た…

製薬用語 備忘録

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SAR表:Structure-Activity-Relationship, 構造活性相関表。リード化合物→誘導体とその活性を表にしておく。参考: http://kusuridukuri.cho-chin.com/souyaku/12SAR.html ADME:吸収(英: Absorption)、分布(英: Distribution)、代謝(英: Metabolism)…

文献リストで件数を出す

例のDDBJ Searchで、http://sra.dbcls.jp/cgi-bin/publication.cgiっちゅうデータに対応する文献(もしくは文献のあるデータ)のリストがあるのだが、件数がほしい、という要望が。 Yahoo Developer NetworkをHackするのにえらい時間がかかったが、やっとこ…

うちにもこの本が届いてた

実験医学 増刊 29―15―日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有 使えるデータベース・ウェブツール (実験医学増刊 Vol. 29-15)作者: 有田正規出版社/メーカー: 羊土社発売日: 2011/09/01メディア: 単行本 クリック: 1回この商品を含むブログ (2件)…

Survey of Read Archives に伸びのグラフをつけてみた

なんか気がついたらこんな日になっていて、世の中、諸行無常というか生々流転というか。 そんなこんなで、DDBJ Searchってのをやっているが、この前(って7月)、次世代シーケンサ(通称:NGS)の基礎についてしゃべったときに即席でこさえた、データ数の伸…

データを前に途方に暮れている

まずはこちらをご覧ください。 Plasmodium falciparum 5966 ... これを見るに、taxonomy ID は5966ですが、NCBIで調べてもそんな登録はありませんでした。 さらに続きまして、こちらをご覧ください。 Plasmodium falciparum 5967 ... えーっと。COMMON_NAME…