なかなかアップされないこのブログですが、そもそもターミナルでコード書くとか解析とかしてハマらないとアップされない気もしますw。 さてさて、前段階として年末に本を出すのをお手伝いさせていただきました。次世代シークエンサーDRY解析教本作者:清水厚…

俺は都会のマンションのベランダで、自分勝手に植物を育てる、ベランダーだ。 季節は春。俺は久しぶりに、ブログを更新することにした。 （植物男子ベランダー・一部改） はてダがサービス終了ということで、はてブに移ってきました。そもそもここにいろいろ…

縁あって、ゲノム解析とか発現解析をしています。 de novoでゲノムデータをassembleするというので、Platanus ( http://platanus.bio.titech.ac.jp/ ) というのを使ってみることとしました。現在のバージョンは1.2.4のようで（去年に出たようだ）。サイトで…

Javaって、まぁ、セキュリティのごにょごにょもあって最新版にせーとか何とか言われたりするわけでありますが、今般、8でないと動かないソフトを入れるにあたり、6から8にバージョンアップしようとしたわけであります。 そのソフト、ターミナルで入れるので…

来てます。 今回はポスター発表にしてます。内容は、まぁ、いつもどおり。本当はもっとモノに根ざした発表をしたいんですが。 せっかくなので、公共NGS中の昆虫データについて調べてみました。 ↑ ポスターの図より。数字はプロジェクト数。1つのプロジェクト…

普段の職場を飛び出してなので、（いまだに書類をこさえたり調整してメールしたりもありますが）コード書いたりするのがなんか久しぶりな気がします。ま、こうやってわいわいやった方が、ひとりでこもってやるよりシナジー効果が出ますわな。 昨日の続きとし…

このブログも昨年は書いていなかったので、これは再開するのはいかがなものかと思ったのだけれども、よく見たら（自宅でブログを書いていたので）3年くらい書いていなかった時期があって、まぁいいか、と思い、また書いてみました。 次世代シーケンサーの公…

BioSampleっていうデータベースができまして、実験サンプルの情報が収載されるようになったわけですが、今までTaxnomy IDで管理されていたのがBioSample IDになってTaxonomy IDが振られなくなったなどと騒いでいるのが世に言うTaxonomy ID問題ってやつだった…

3行まとめ http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=SRP038104 にそろっている 今回のは、ID記載のマジックとNCBIのインターフェースのラビリンス具合の合わせ技 わしわし登録するところは研究所内に登録アシストの人を置いたら? そうでなくても、…

ぞっこんです。ってそっちじゃなくて、謎の挙動を解明するのに時間が。 user@localhost:~$ emacs /usr/bin/emacs: symbol lookup error: /lib64/libgobject-2.0.so.0: undefined symbol: g_date_time_unref まいったなー、と思ったのですが、X11版のemacsを…

落ち穂拾いという言葉は、意外と便利な言葉な気がします。差分だけ書いて落ち穂拾いって言えばいいんですからね。まぁ、そんなことはどうでもいいのですが、個人的には垣間見るも便利な言葉だと思っています。はい、どうでもいいです。 えっと、3月だかにMac…

ぶはは。ここに書くのも1年ぶりかよ。いったい今まで何やってたんだよ感も漂いますが、まぁいろいろやってましたってことで（だから何を） えーっと、昨日、論文のreiviseを投稿しました。 reviewerのコメントの中に、図が汚いというのがあって、まぁ、これ…

毎度おなじみながら、NGSの公共データベースであるSRAで、メタデータのまとめをして統計的なところから検索するっていう SRAs ってのをやってます ( http://sra.dbcls.jp/ )。この中で、文献からデータを検索するってのがあるわけですが、5月下旬にNGS現場の…

前回、遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―という本を紹介したのだが、って、紹介したってほどじゃないよな、めくった記録をつけたくらいが正しいと思うが、それに対して、著者の方から、その本にかける情熱を書き付けていただいて（ryam…

バイオパンク DIY科学者たちのDNAハック!作者: マーカス・ウォールセン,矢野真千子出版社/メーカー: NHK出版発売日: 2012/02/21メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 16人 クリック: 334回この商品を含むブログ (13件) を見るヘー。バイオバンクかー。生体…

遺伝統計学の基礎―Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析―作者: 山田亮出版社/メーカー: オーム社発売日: 2010/09/04メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 7人 クリック: 155回この商品を含むブログ (38件) を見る自分はこのあたりのことは詳しくないのだが…

今日やったよ、というログのために。 生物種の統計値をつくるのに、NCBIをたたいているのだが、XMLパースエラーみたいなのが出たりして最近よく落ちるので（NCBIが問い合わせへの回答にたまにエラーを吐くとにらんでいる）、前に見た結果を残しておいて、そ…

まずはこちらをご覧ください。 ... pubmed 17916733 これは、SRX096404というデータで、実体はSRA045429.experiment.xmlですが、このデータが、PubMed の 17916773 、つまり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=17916733（Microbial population struc…

まずおことわりです。 昨日、iBooks で見てねーといったのですが、最近 出たiBooks2でないと動かないかもしれません。途中まで行って、背景がグレーになって止まる、という現象が散見されました。昨日は、うねうねいじっていたから、ダウンロードでもしてい…

なんかごたごたして云々ですが、まぁ、まずはインストール。 Apple Storeから特集とかいって、検索でいいと思うけども、無料でインストール。Apple IDとか入れて、落とす。 なんか、入れたアプリがiPhone風にアイコンリストで出たけど、アプリケーションフォ…

これで後輩から、えっ? MBAって入ってんのSSDでしょ。HDDが入っているMacだせー的なののしりから解放されるかと思うと (T-T) 前のはH19とかに買ったんですよ。ブラウザ立ち上げるとCPUが100%になるんですよ。（ぐだぐだ気を取り直して、インストールログ 前…

15日をすぎましたので、例のDDBJ Searchでのデータの伸びのグラフをアップデート

eutils でどうなったかってのが気になっていたのですが、esearch → efetch の流れのうち、esearch は普通のようだが、efetch は結果が返ってこない。 esearch 22080 10 0 1 NCID_1_82425502_130.14.18.52_9001_1326178023_184987767 614414 614413 614412 61…

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス作者: R.ジェントルマン,V.J.カリー,W.フーバー,R.A.イリザリー,S.ドュドイト,荒川和晴,粕川雄也,川路英哉,河野信,神田将和,鈴木治夫,田中伸也,中尾光輝,長嶋剛史,二階堂愛,宮本真理出版社/メーカー: シュプ…

本体の一部も調子が悪いのだが、自分の面倒見てるマシンがアクセスできないという現象が。 ping は通るが、sshとかwebのが重い。 何度か再起動とかして、httpdとかmysqldとか止めつつ、やっと、MSNのボットが山のようにCGIをたたきまくるということをつきと…

匍匐前進。

404 | CSHLっていうんで、Cold Spring Harbor Laboratory - Advancing the frontiers of biology through education and research - Cold Spring Harbor Laboratoryってとこに行ってきた。 出版部門があって、会議場の地下の売店で売っているので眺めてきた…

15日ですので、更新しました。 DDBJ Search

そういやそろそろだよなぁーと思ったら出てた。 Medical Subject Headings - Home Page MEDLINEデータベースが2012版になるのは、いつもは1ヶ月後くらいだっけか。 ちょこちょこ変わったみたいだが、まぁ、気にせんでもいいのかな。

毎度でございますが、DDBJ Searchってのやっとります。 プロジェクトリストあたりのところは、お願いして作ってもらったのですが、そろそろほどいて改良を。 で、ふと、NCBIからデータを落としていて、遠かろうということに気づいてはいたのですが、時間がで…