なんかここまで無視されると、なんかヘマったか、お呼びでないか、いずれにしてもへこむなぁ。 しかしながら、よく考えると、（自分らはそうではないが）普段はタカビーに出て当然な立場なワケで、一度、ぴしゃっと言った方がいいのかもしれんな。

どうするか悩んだけど。 返事したら7分で返事来た。（w しかし、こういうの知らなかったなー。

Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemの方で、Allelic heterogeneity (The list of genes and their related diseases) ってのと、Non-allelic heterogeneity (The list of diseases and their related genes) っていう統計値を…

結局、来られず。 まぁ、風邪気味だったから、降ってきたお休みみたいなもんだ、ということで。

MeCabの辞書は、用語とか品詞とか読みとかをCSV形式でつくっておいて、それを辞書化ツールでバイナリ化して設定ファイルに書くことにより使えるようになる。 このCSV形式、エディターとかで書いているとわけわからなくなるので、Excel（っちゅうか、Google D…

疾患名、解剖学用語（臓器名）、生物種名について検討してきました。 これまでのをふまえて、解剖学用語で足りないのを足しつつ、紛らわしいのを抜いて、解剖学用語でちょろっと抜いて、生物種名はノイズっぽいので、やめて、必要なものを適当に足す、という…

昼に噂してたら、夕方、電話がかかってきて、3分後にやってきた。風貌は相変わらずだったが、やっていることは時代の波に翻弄されていろいろドラスティックに変わっているみたい。

というわけで、100万行分を飛ばし飛ばし読んだのですが、埒があかんなー、というか、今、どこまで行ったんだろうとか不安になり、見てみたらば、全部で2400万行とかあって、まだ5%かよーとかへこんだのでした。 っちゅうわけで、飽きたので（をい、前エント…

とりあえず、病名辞書をmecabの辞書にしたので、実際にPNEとか他のとかを処理させてみた。 全体として、いい感じではある。 上から眺めて行って、すべての疾患名をレスキューするのはつらいので、疾患名とされたものがちゃんととれているか見る中で、とりこ…

意外と平気だった。って、モノだから平気なんだけど。 机上の学問で、こういうの、とは知っていたけれども、実際に目の当たりにすると、なるほどな、と思う。 自然は美しい。魚とかなら、自分でつくるとかやってみたい気はする（また別の話だが）。

ちゃんと登録されたかいねーと見たらば、アルツハイマー病が少ない。あぁ、そうか、元のファイルは以前のStep 3を使ったから少ないのだった。 スコアリングどうしよう。 直感的に、アルツハイマー病の例で言えば、0にした方がいい感じなので、全部0というの…

てなわけで、素のMeCabで処理してみて、で、そこに出てこない単語は病名辞書として登録してみよう、ということで。 登場あり： 263 登場なし：23,107 という結果に。意外とかぶっているのは少ない、と見るか、こんなもんか、と見るか。263くらいなら、目で見…

一度 顔を合わせて話をしたかったので、いきなりでびびりはしたけど、結果的によかった。 まぁ、リテラシレベルがわからないので（バイオ系の知識とか、IT系の知識とか、プログラミングとかコンピューターまわりのつかいこなしとか）、そのあたりを数回 推し…

PNEの文章を素のmecabで処理し、その結果と比較してないやつは追加しようみたいな試みだったわけですが、そういえば、他にも日本語リソースをつくっていたのでした。。。そいつに対しても同様に。で、とりあえず sort | uniq して、そいつらと病名辞書を比較…

そもそも、なんで「よう」がいかんかったか、というと、他の一般的な「よう」とバッティングするからで、なら、そういうバッティングをしないものなら追加しても影響はないかも、ということで、そういう比較をやりはじめる。 とりあえず、PNEのデータすべて…

昨日、コストについていろいろふってみて、コストふりだけでは使い物にならない、ということがわかったので、その線ではあきらめるものの、使えるところは使っていこう、ということで、どのあたりが精度がいいか確かめてみた。 アルツハイマーを例に、実際に…

してみようとした、ってのがミソではありますが。 2010-01-29 - chalk-less::weblog::theclaで書いたとおり、ＩＣＤ１０対応標準病名マスター メインってのがあって、けっこうよさげだぞ、と。で、読みがなもあるし、MeCabの辞書としてちゃらっと追加して、…

うっかりライセンスの厳しいデータを使ってしまったがために、やっていることを英語でA4×1枚作成。前の日の電車の中でわーっと書いたけど、仕上げて仲介をお願い。 午後は毎度の会議。

えてして、モチベーションがわかないときにはこういう細々した仕事から入っていって、みたいなところなんだろうが、いろいろとっくんでやろう、みたいな気分のときに、細々した仕事が山をなしていると、逆にモチベーションがわかないもんだね。

ゆるーくスクリーニングして、候補を568渡していたのだけれども、Eから始まるのが6と、Sから始まるのが23とれてきた。Gは43。 前に、別のスクリーニングでとってきたのがあるので、そういうのとマージしてみないと、その効果っちゅうのははかれないけれども…

前のエントリに関連して。 前々から思っていたのだけれども、ライフサイエンス分野なりのサイエンス領域で、デジタル化に伴う権利関係の諸問題があって解決すべきなら、もっと効果的な方法で発信するべきなのではないか。 先日のnatureで、Back to books | N…

なんかカタいタイトルだ。 数日前に読み終わったので、メモしておく。情報社会の倫理と法―41のケースで学ぶ作者: リチャード A.スピネロ,林紘一郎,中西輝夫出版社/メーカー: エヌティティ出版発売日: 2007/10/05メディア: 単行本（ソフトカバー）この商品を…

電車に乗って窓の外を見ながら、そういえば、4年前のこの日も東海道線で西に向かっていた外を雪が舞っていたのを思い出した。

飛石連休。 今の仕事は楽しい仕事ではあるが、こういう休みを楽しみにしないと、つきあってられない部分も否めない。 ← 語彙の少ない表現だ。

Statistics at the Bench: A Step-by-Step Handbook for Biologists作者: Rebecca W. Doerge,Martina Bremer出版社/メーカー: Cold Spring Harbor Laboratory Pr発売日: 2009/12/15メディア: Hardcover-spiralこの商品を含むブログ (1件) を見る出版社のペー…

なんか忙しそうな人からメールが来た。ちゃらっとやってメールしておく。

昨日 調べた、BioPerlでPubMed Centralをつっつく方法を使って、ちょっとあやしげなやつをつつきに行って、データを眺めてみるってのをやってみた。っちゅうか、やりかけ? まわしてみると（というか、ファイルに吐こうとすると）なんかやたら時間がかかると…

せっかくなので調べてみました。 $ perl -MBio::Biblio -le 'print Bio::Biblio->new(-access => "eutils", db => "pmc")->get_by_id("1913784")' ワンライナーで、ですが。 比較のために、PubMedの場合の例を示すと $ perl -MBio::Biblio -le 'print Bio::B…

対応するPMID（PMC IDにて指し示されている論文を指し示すPMID）と、referenceとしてciteしている論文の2系統。 前者：17634102 後者：10592173

PubMedとか、PubMed Centralとか。 前にも書いたが、esearch → efetch の流れ（これは一般的）。 自分の場合は、えてして、IDがわかっていることが多いが、その場合は、いきなり efetch。そのときは、EFetch Utility for Entrez Literature DatabasesのExamp…