2010-02-09から1日間の記事一覧

PubMed CentralのデータをBioPerlで取得する

せっかくなので調べてみました。 $ perl -MBio::Biblio -le 'print Bio::Biblio->new(-access => "eutils", db => "pmc")->get_by_id("1913784")' ワンライナーで、ですが。 比較のために、PubMedの場合の例を示すと $ perl -MBio::Biblio -le 'print Bio::B…

PubMed Central 中に登場するPMID

対応するPMID(PMC IDにて指し示されている論文を指し示すPMID)と、referenceとしてciteしている論文の2系統。 前者:17634102 後者:10592173

テキストデータ関連でeutils

PubMedとか、PubMed Centralとか。 前にも書いたが、esearch → efetch の流れ(これは一般的)。 自分の場合は、えてして、IDがわかっていることが多いが、その場合は、いきなり efetch。そのときは、EFetch Utility for Entrez Literature DatabasesのExamp…