席替えに合わせて、というか、他にも様々なことと合わせて、ボスに来年度どうするのよ、みたいな話をされ、パワポを送ったのだけれども、けっこう食いつかれた（が時間がない）ので、自分なりに詳細とかまとめてみる。先行研究とか聞きたいらしいので、その…

お茶の2人がやってまいりました。 PubMedの文献を取ってきてなんちゃら、みたいに、NCBIにアクセスしてデータをとってくる、なんてのは、ここいらの業界では至極あたりまえにできた方がいいスキルだし、きっと研究にも役立つだろうから、（NCBIに限らず、プ…

DBCLSも、今度の4月でできて3年ですか。最初のころは通称：プレハブ（理学部1号館別館A棟）にいたわけですが、ここ工学部12号館に来て2年となりました。 その工学部12号館に来るときに、今の部屋割りにしたわけですが、今回、ちょっと見直そうということで席…

そんなこんなで、OMIMエントリとかで、Referenceの多い順に、ということをやってみたりしたので、上からよく研究されている疾患とみなして、こいつらに日本語訳をつけてみよう（っちゅうか、日本語情報と対応づけよう）なんてことを試みてみました。疾患名の…

昨日は、OMIMのエントリで、疾患関連遺伝子（ようするに遺伝子）をさしているエントリについて、対応するEntrez Geneのエントリに寄せる、ということをやったわけですが、逆に、Entrez Geneのエントリで、phenotypeをさしているのについて、対応するOMIMエン…

2010-03-12 - chalk-less::weblog::theclaで書いたとおり、OMIMには、疾患と疾患関連遺伝子が含まれているわけで、これらを一緒に扱うのは非常に違和感があるわけです。 はたまた、今、Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemは、E…

いい意味で、リセットがかかったので、心機一転。つづきをやります。。。

催される。 正直、聞いていて至極当たり前か、聞いていてさっぱりわからないか、どっちかかと思っていたが、普段、そこいらで聞いているようなプレゼンに比べたら、えらい上手で、内容も充実していて、まぢで泣きそうになった。(T-T) （いや、変にえらぶるつ…

なんか、最近、〜.static-customer.corenap.com なんてののアクセスが多くて、これ、ロボットとしてなんとかしたいなー、とか思ったので。 使っていたのは6.8とかだったが、6.95になってた。 例によって、tarballからインストールしたソフトウェアを簡単に管…

仕事ではありません。家でイラレをいじっていて。 ダイレクト選択とかで出てくるのってアンカーポイントだっけか。なんかいじってたら出なくなった。 結局、ググったのだが、⌘（WinならCtrl）+Hで直った。境界を表示かな。そういや確かに、イラレ全体を隠そ…

GeneRIFとして文献へのリンクがあるのは使えそう。MeSHにリンクがあるが、UMLSのIDで、MeSHのIDでないから、かまさないといけない。ICD-9へのリンクはあるが、ICD-10のIDはないので、イマイチ。non-insulin-dependent diabetes mellitus が insulin-dependent…

振り返って、前を見て。

金曜日にOMIMの各エントリについて、どのくらい文献がついているかの情報を示したが、*と+で表されるところのエントリは疾患関連遺伝子だから、Entrez Geneのと合わそう、ということで計算。途中でコケるので（多分、数が多いとか、NCBIの調子が悪いとかが重…

身の振り方を考える。 内向きの課題と、外向きの課題は違うんだよな。 やっぱし、何かしらの形でまとめるという作業は大切に思う。かなり整理された。

いつもどおりです。

内部向け公共の福祉事業。

午後イチで歯医者につき。 なんか、この年度末で担当の先生がかわるとかで行ったのだが、いつもどおり、歯科衛生士の人に見てもらっただけで、ちっとも影響はなかった。

手始めに、RMeCabのあたりのインストールとか、ちょろっと使うところとかをやってもらう。 次回は、AJACS17 - MotDBで、その次にやることまでは決めてある。せっかくなので、やってすぐに役に立ったと実感してもらえるようなタスクを与えられると、お互いハ…

2009-11-17 - chalk-less::weblog::theclaで示しているが、各OMIMエントリにreferenceとしてついている数を算出してみた。 143100 HD 3 341 0 341 162200 NF1 3 267 0 267 219700 CF 3 244 0 244 160900 DYSTROPHIA MYOTONICA 1 3 233 0 233 310200 DMD 3 19…

一応、自分の範疇だ、というので、いい経験だしこなすことにしたのだが、ちょっと悩ましい。 大きいからとお目こぼしするべきか、容赦なくぶったぎるべきか。 とりあえず、最初だから、素朴に容赦ないモードで臨んでみる。 ま、書ける時が来たら書く。

GWAS関連の文章って、なんとなくわかるんだけど、なんでこう日本語にしようとすると大変なんだろう。"useful in controlling for population structure"とか。

まぁ、そんなこんなで。

ふとしたことから、（自分のやっているサービスって）意外なキーワードで検索されてくるんだよねー、みたいな話題で盛り上がり、確かにGendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemもそうだよなー、などと思いつつ、ちょいちょいいじっ…

2010-03-04 - chalk-less::weblog::theclaで書いたとおり、 Unit de Recherches sur le Dvelopement Normal et Pathologi que de Systme Immunitaire INSERM U429 Paris, France. ってのがMEDLINEに出てきて、この、 = é のせいで、BioPerlのBio::Biblio::IO…

掲題のシンポジウムに朝から参加です。 クリニカルデータ国際シンポジウム 東京大学 政策ビジョン研究センター ここのセンターに移る前の半年は、前職で、こういうことの調査と戦略立案ばっかしやってまして、しばらく聞きたくない（トラウマがよみがえる）…

さらさらーっと、いく予定が、予定外のところでコケました。 Unit de Recherches sur le Dvelopement Normal et Pathologi que de Systme Immunitaire INSERM U429 Paris, France. って、éですね。去年はコケなかったのになんでだろう。 要調査って感じです。

去年も書いたかもしれないが、このデータに対して、このプログラムかけて、みたいのを、忘れるので、http://wema.sourceforge.jp/を使って書いてます。 前は、これを手で動かしていたのですが、makeってこういうとき便利。 make -f Makefile.omim でさらさら…

OMIMをいろいろいじってます。 もちろん、Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemもその一環ですが、理学系な自分らは、こと病気に関しては無知だし、世の中にはいろいろ疾患があるのだなぁ、などと思うわけです。（自分ら、とか言…

無関心。 本当にこの世界で生きるとなると、自立もそうだが自律していかねばならぬ。

そろそろ、Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemのデータ更新にもとりかかりたいが、機能追加とか、データをすっきりさすとかもろもろやりたい。 それより何より、このあたりのことがらを、整理して理解しやすくさせたい（そして…