http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10437 と http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?study=SRP000105 Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome GEOに登録してあって、SRAに再登録というパターンだ…

いれてみたので、実際に検索できるか、そこいらのデータで試してみる。 http://hyperestraier.sourceforge.net/intro-ja.html を参考に。インデックスをつくって、で、CGIを設置し、検索をかける、と。 とりあえず、今までためていた論文 (PDF形式) を相手に…

配布されているのが、tgzなファイルなので、展開してどこかを書き換えたら入ったりしないかなーと思ったものの、ちょこっとやってもダメだったので、とりあえず保留。

Mac Book ProのファイルをMac Proにコピー。とりあえずバックアップみたいなフォルダに全コピーして、いるファイルは、正規の場所に置き直すみたいな感じで。

バイナリ落としてきてRを入れてみた版。 RMeCab_0.90_x86_64.tgz > install.packages("RMeCab_0.90.tgz", destdir=".", repos=NULL) > library(RMeCab) > kekkaすもももももももものうち") R(14649) malloc: *** error for object 0xd00000002800000: pointe…

もちろんMeCabも入っていますよ。 なんかうまく入らないので、うねうねしてます。 とりあえずportでRをインストール (2.11.1)。で、 RMeCab_0.90_x86_64.tgz RMeCab_0.90.tgz RMeCab_0.89_R_x86_64-apple-darwin9.8.0.tar.gz (本当は2.11.0用) RMeCab_0.89_R…

今までこいつを書かなかったうちに、検索対象がいろいろたまることになりまして、それを検索できるようにしないとな、と。で、そのデータがぐだぐだだったりするので、どうすっきりさすかをいろいろ考えていたわけだけれども、とりあえずえいやーでやろうと…

Mac Proって、Macで（あたりまえ）、Snow Leopardで、で、64bitなんだよな。確か。 RをPortで入れて、MeCabをソースから入れて、で、RMeCabなんだけど、どれを入れたらいいんだ? （64bit?）みたいな感じになりまして、適当に入れたり消したり。いろいろ試し…

Mac Pro。諸般の事情により（っちゅうか、1つしか事情はないが）、名前はcasper

開発をお願いしていた件について、打ち合わせ。 こういうのをつくりたいなぁ、というのを具現化してくれていて、変な言い方だけれども、金で解決できるうれしさよ。（そのノウハウを使って、自分でも別件でやることになるかどうか。。。） 今までに気づいた…

なんでか知らんけど、うっかりまたここに書かなくなっていたので、えいやーで復活させてみた。 このまま夏バテせずに続けるべし。

データを眺めていて、関係性が複雑怪奇なので、それをほどく作業をしている。 昨日、うちの熱心な若いのが、同じ問題にぶちあたったようで、ちょっとお手伝いしたのだが、その過程で、自分のやっているのじゃ全部 拾いきれていない（ようするにミスっている…

ちゃんと更新して公開できるようにできるといいですね。はい。わかります。

7504 - 546 454 GS FLX 431 Illumina Genome Analyzer II 344 unspecified 332 Illumina Genome Analyzer 216 GS FLX 184 Solexa 1G Genome Analyzer 130 GS 20 38 AB SOLiD System 2.0 27 454 GS 20 16 Illumina Genome Analyzer II|unspecified 16 AB SOLi…

8156 - 77 Homo sapiens 48 Mus musculus 45 Drosophila melanogaster 39 Drosophola melanogaster 26 Caenorhabditis elegans 21 Enterococcus faecalis 19 Arabidopsis thaliana 18 marine metagenome 18 Metagenomic 14 Lachnospiraceae bacterium 13 cor…

前にtwitterで流して（Loading...）、好評だったやつのアップデートをしてみた。 全部で、9918件 8199 - 913 Whole Genome Sequencing 330 Transcriptome Analysis 185 Metagenomics 137 Epigenetics 82 Other 38 Resequencing 14 Population Genomics 12 Ge…

やるぞー、とか思いつつ、どこを読み解くかねーとかいうこととなり、ファイルを眺めてみようとするのだが、各々のSubmissionで、Studyがあったりなかったり、Experimentがあったりなかったり、以下、云々ということとなっていて、見るのがしんどい。というわ…

先日、表記のとおり、Thunderbirdのバージョンを3にしたらば、RSSでの記事を読むのに、タイトルくらいしかでなくなってしまい、RSSリーダーとしての機能をなさなくなってしまった。 で、調べたところ、「表示」→「フィードの表示形式」が「要約」になってお…

木曜日なんだよね。実感ない。

正直、まさか来るとは思わなかったので、逆に励みになります。 今後も声をかけてもらえるようにしばらくはのさばってみようかと（てか、もっとのさばってる感が出てよいはずなんだよな

だいたい当初のスケジュールどおりになってしまった（〆切 間違えてなかったらこのくらいにできただろうというスケジュールどおりになってしまった）。orz 今回、英語でもアブストを書いたのだけれども、普段 書かない（しかし、書く機会はあってもおかしく…

とりあえずPNEの文献を素のmecabで処理して、で、名詞連続のをつなげて、で、ある程度ブラックリストとかつくって、で評価してみる、なんて、なんかどこかでやっていたようなことを慣らしでやってもらってみたり。 帰りしなに話をしたらば、こういうのは例外…

心に余裕がなくなると机が汚くなって、心がさらにすさみ、で、机が汚れる、と。

さらに調べたら、フォローが必要そうだったので念のため。 残念ながら、というか、当然ながら、というか、citation情報が入っていたのは、PubMed Centralに収載された論文だけで、full textをNCBIがもっていないものは、情報がありませんでした。 それでもよ…

大ニュース。 上ので、MEDLINEのXMLを眺めていたのだが、その論文が引用している文献（ようするにReferenceの文献）についての情報が着くようになっていた。 夢広がりますなぁ（遠い目 参考：Announcements to NLM Data Licensees: Year 2009 BioPerlでも議…

お茶の子シリーズです。「子」っちゅうと失礼なんだろうが。 前回（2010-03-29 - chalk-less::weblog::thecla）は、esearch → efetchのあたりをやってもらいましたが、今回は、efetchでとったXMLから必要な情報を抜き出す、というのをやってもらいました。 …

大きな木の下だか傘の下にいるからポジティブなのか、みんな本気でポジティブなのか、やる気ないのか。

英語のメールが来ましたよ。

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知りたいというから、このギョーカイの成り立ちとか、抱えているタスクについて教えてみた。 Pythonつかいだということで、BioPythonのチュートリアルみたいのを写経してもらったけど、バージョンがあがっててそのままでは動かず、いろいろHackが必要だった…