BioPerlで、PMID→PMC ID変換：うまくいっていない

PMID（PubMed ID）から、PubMed Central のIDをとってくるというスクリプトを書いたのだが、ちゃんと変換がうまく行くやつと、うまく行かないやつがある。見るに、きちんとIDの部分がオブジェクトとしてとれているやつと、とれていないのがある。元のXML見ても、同じような書き方になっているので、その理由がわからない。謎。