2009-08-14から1日間の記事一覧

BioPerlで、PMID→PMC ID変換:取り逃がし評価の傾向

6件のうち、PNASが4。Genome Biolが1。natureが1。 Genome Biol.はとれているものもあると確認。他は未確認。natureは、将来公開予定分を先行でIDだけふられている。

BioPerlで、PMID→PMC ID変換:取り逃がし評価

160のPMIDのうち、XMLにPMC IDが書いてあるのが92で、BioPerlで取れているのが86。(T-T)

BioPerlで、PMID→PMC ID変換:解決

目立つんで、一番下の gr.6593807 10.1101/gr.6593807 17989255 PMC2099594 を見ていたのだけれども、よく見たら途中に PMC2099594 というのが出てきていて、こっちを見ていたようだ。正常動作。 ってことは、取り逃がしが少しあるってことだな。。。むむむ…

BioPerlで、PMID→PMC ID変換:うまくいっていない

PMID(PubMed ID)から、PubMed Central のIDをとってくるというスクリプトを書いたのだが、ちゃんと変換がうまく行くやつと、うまく行かないやつがある。見るに、きちんとIDの部分がオブジェクトとしてとれているやつと、とれていないのがある。元のXML見て…