2011-05-11から1日間の記事一覧

単にキーワードに拾ってもらうためのつぶやき

DBCLS

GENOME INFORMATICS@Cold Spring Harbor Lab

404 | CSHL November 2 - 5, 2011で、Abstract Deadline: August 12, 2011と。 どうまとめるかが課題だね。

例によって文献を落としてきて処理

検索結果のPMIDを投げて、BioPerlで処理し、PMC IDをとって、もいちど投げ、とりあえず落ちてきたXMLから何も考えずに正規表現で抜く。 18267968 2367719 TTTTTTTTTTCATATGTCCCAGAGCAGGCACCGCGAGGCCa TTTTTTTTGCGGCCGCTTACTTTCTTTCTGCTATTATCTTTAAATA TTTTTT…

スクリプトが動かなくなったが

bioperlは、安定版が1.6.1かな。開発版は、1.6.9までいっているっぽい。 ちょうど、Perlも、5.10から5.12になるころの過渡期で、ある日、5.12でないと動かない日が来ると思っていたのだが、今日かもしれんと思いつつ、一からインストールなども試みかけたが…