今度は

FASTAファイルですか。。。
ruby はずぶずぶに素人なので、昨日、書いたやつを、アミノ酸変換のところだけちょっと入れ替えて（K→LysのあとでL→Leuすると困るので、ということ）実行。5分くらいで終了。
その後、時間ができたので、昨日のコメントにあるのを参考にアレンジなどしてみた。ふむふむここは配列扱いなのだな。。。とりあえず、

echo "ARU" | ruby -rbio -e 'a=$stdin.read; puts a.split(//).map {|aa| aa=aa.strip; Bio::AminoAcid::Names[aa]}.join("")'

とかしてみた（ほとんど変えてない...）。もともとのはFASTAだったので、頭に名前がついている。そこにでてくる大文字も変換されて頭にくっついているので、それを削って、名前をつけなおす。ま、最初はこんな感じで許して。。。きっともっとexcellentな方法があるんでしょうね。。。
自分には知識をまとめることくらいしかできないですが。。。