BioPerl

T助教授のドキュメントに従い、BioPerl のインストールを試みる。CPAN を root で実行しなかったのはご愛嬌。root になって、もう一度。。。proxy のせいなのか、うまくいかない。というか、Bundle::CPAN のところすらいかない。いーかげんにしてくれ（というか、内部からだとftpはへこへこなんだよなー）。

CPAN で一度セッティングした設定を変えるとき
CPAN -MCPAN -e shell
して、
o conf init

↑こういうのも貴重な情報だと信じて（私はまだ素人なのだ...）
1年後にこんなこと書いているよ、とか言って、笑い飛ばせるようになりたい。

→ 解決。むっちゃへこいサーバを選んでいたらしい。/usr/lib/perl5/5.6.1/CPAN/Config.pm だかなんだか設定のファイルを消してやり直した。じゃらじゃらいくよー。ちくしょー。よーく見て、みんな行くだろうなーというところをはずしてやればいいみたい。とりあえず、JAISTはさくさく。すばらしい。

→ 再びひっかかる。
swissprot のをとるのはやばいので（ライセンス的に）GenBank のをとる。が

Your system does not have IO::String installed so the DB retrieval method is not available at /usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/Bio/Perl.pm line 466
Bio::Perl::get_sequence('genbank','AI129902') called at bioperltest1.pl line 5

と怒られる。今日のお遊びはこのあたりまで。やっぱし、あれだな。あれ。